[2026 식품·제과 세무] 식품제조업·제과점의 부가가치세 의제매입세액공제와 재고자산 세무 조정 전략

1. 면세 농·축·수산물 원재료 매입과 부가가치세 의제매입세액공제 요건

식품제조업과 제과점을 영위하는 사업자가 부가가치세 과세 재화를 제조·가공하기 위해 부가가치세를 면제받아 공급받은 농산물·축산물·수산물 또는 임산물을 원재료로 사용하는 경우, 부가가치세법 제42조에 따라 의제매입세액공제를 적용받을 수 있습니다.

중소 제조업 개인사업자의 경우 4/104(과자점업 및 도정업 등 일정 요건 충족 시 6/106), 법인사업자는 2/102 또는 4/104의 공제율이 차등 적용됩니다. 특히 농어민으로부터 직접 매입하는 경우(제조업에 한하여 인정되는 영수증 수취분)나 면세 계산서, 신용카드 영수증, 지출증빙용 현금영수증을 수취한 분에 한하여 정당한 공제가 가능하므로 매입 증빙 관리가 필수적입니다.

또한 확정신고 시 해당 과세기간의 공급가액에 따른 의제매입세액 공제 한도율(개인 45%~75%, 법인 40%~50%)을 정밀하게 계산하고, 제조에 실제 투입되지 않고 타 용도로 전환된 원재료에 대한 안분 계산을 철저히 진행해야 사후 추징을 예방할 수 있습니다.

2. 원재료·완제품 재고자산 평가 및 유통기한 경과 폐기손실 세무 조정

식품 및 제과업은 원재료의 신선도와 완제품의 짧은 유통기한으로 인해 재고자산의 가치 변동과 손실이 빈번하게 발생합니다. 연도 말 결산 시 재고자산 평가방법(선입선출법, 총평균법 등)을 세무서에 사전 신고하고, 실지재고조사를 통해 장부상 재고와 실제 재고의 차이를 명확히 규명해야 합니다.

유통기한 경과, 부패, 변질, 포장 파손 등으로 인해 상품 가치를 상실한 재고는 소득세법 및 법인세법상 '재고자산 폐기손실'로 필요경비(손금) 처리가 가능합니다. 다만 객관적인 입증 자료 없이 임의로 폐기 처리할 경우 가공경비로 의심받거나 대표자 상여 처분될 위험이 있습니다.

따라서 폐기 품목 리스트, 폐기 일자, 수량, 단가, 폐기 전·후 사진, 폐기물 처리 업체의 수거 확인서나 소각 증빙 등 객관적 증빙 서류를 철저히 구비하여 세무조사 시 손금의 정당성을 입증할 수 있도록 내부 통제 시스템을 갖추어야 합니다.

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